在“大学与可持续发展”论坛上，纪宝成表示，市场经济“是以物质利益为动力的”，但大学的使命和精神，要求它与市场保持一定距离。
纪宝成批评了要求“大学办学围着市场来转”的思想。 “有人提出高等教育要产业化、市场化，个别人还呼吁中国大学私有化，彻底实现所谓转型”，他说：“这种认识不顾高等教育本质的属性，不顾大学的天然本职的使命，把大学当成了市场经济的附庸”。
他还表示，一段时间以来，市场以各种各样的名目、各种各样的渠道向大学渗透，腐蚀大学精神。大学喧嚣、浮躁、拜金、学术造假、急功近利。有些大学教师成了某些特定利益集团的代言人，学术大师难以出现，高水平的科学研究成果受到严重影响，“这与市场侵蚀大学的自主性有很大关系”。
他表示，如果大学为各种各样市场利益集团服务，成为各种各样市场利益的代言人，甚至于大学自身变成一种趋利性的活动、一种盈利性的活动，大学的自主性根本谈不上，大学的使命不可能完成。
在谈到大学与政府关系时，纪宝成说，中国大部分高校为公立大学，政府对大学进行管理是理所当然的。但他提醒说，高等教育法确定的七项自主权还远未到位。
“现在政府对大学一些不必要的行政干预依然比较普遍。有人甚至把大学当成了一个政府机关的附属物，当成了工厂的一个车间来进行指挥”。纪宝成继续批评说：“各种工程把大学管得越来越紧，很多行政评估、行政审批、行政审查。有的并没必要。大学成天在评估、评审、检查中过日子，自主性受到干扰。”
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